Dopo le elezioni tenutesi nel 1972, al governo il candidato governativo scelto dai militari fu il colonnello Molina: la violenta contestazione dei risultati elettorali da parte dell'opposizione si espresse nel tentativo di un colpo di stato, spezzato e represso dall'esercito. Cinque anni dopo fu eletto nuovamente il candidato governativo, stavolta il generale Romero, il quale con il suo frequente uso della forza e della repressione mosse verso la lotta armata gli oppositori, che lo destituirono nell'ottobre 1979 con un altro colpo di stato, questa volta riuscito. La nuova giunta creatasi fu mista, poiché formata da militari e civili, tra i quali, mediante concessioni e garanzie, cominciò finalmente il dialogo. Questo fu però interrotto pochi giorni dopo la destituzione di Romero, il 18 ottobre, in seguito ad una strage commessa dall'esercito nell'atto di disperdere una folta folla di manifestanti.
I civili abbandonarono la giunta meno alcuni democristiani, con a capo José Napoleon Duarte, che tenne in piedi la giunta stessa con i militari. L'opposizione si riunì nel Fronte democratico rivoluzionario, mentre il 12 dicembre 1980 Duarte divenne presidente. Le questioni interne si fecero sempre più gravi e il presidente chiese aiuto agli Stati Uniti, ottenendo il sostegno dell'allora presidente Ronald Reagan, che incitò Guatemala e Honduras a lottare contro i gruppi comunisti. L'opposizione chiese nel 1982 la pacificazione e la formazione di un'assemblea costituente, e sia la Chiesa sia l'ONU appoggiarono queste richieste, ma gli USA si opposero fermamente alla normalizzazione in questo senso sostenendo Duarte. La situazione peggiorò ulteriormente con la vittoria alle elezioni del 1982, boicottate dalla sinistra, del maggiore Roberto D'Aubuisson, di estrema destra. Il 13 marzo del 1983 venne uccisa dalle forze armate la presidentessa della Commissione dei diritti umani, Marianella Garcia Villas, in un'area di conflitto dove si era recata per documentare l'uso di armi chimiche da parte dell'esercito, e assassinata dopo essere stata torturata. Il brutale assassinio sconvolse l'opinione pubblica internazionale, mettendo in luce la grave situazione del paese centro americano.

Le mediazioni della Chiesa fallirono e gli Stati Uniti entrarono in modo frequente e visibile nelle questioni interne del Salvador, favorendo il ritorno alla presidenza di Duarte nel 1984. Duarte comprese l'indispensabilità del dialogo con la guerriglia, e i colloqui ripresero con un importantissimo incontro a La Palma tra il premier e l'opposizione. La destra bloccò tutto in Parlamento. Quattro anni dopo la situazione precipitò quando vinse le elezioni amministrative D'Aubuisson, tra l'altro accusato dell'omicidio dell'arcivescovo Oscar Romero, e in più Duarte fu costretto a recarsi negli Stati Uniti per delle cure per le sue precarie condizioni di salute, lasciando così i poteri.
La Democrazia Cristiana andò in crisi e lasciò libero spazio al partito di D'Aubuisson, l'ARENA, che si aggiudicò la vittoria col suo nuovo candidato Alfredo Cristiani. Egli si dimostrò inaspettatamente conciliante, furono avviati per l'ennesima volta dei negoziati, che però vennero ancora una volta interrotti a causa dell'uccisione di alcuni sindacalisti, da parte di militanti della destra estrema. In seguito a ciò, la guerriglia scatenò una terribile offensiva. Le trattative ricominciarono a Ginevra nel 1990 e l'anno dopo fu finalmente ammessa anche l'opposizione alle elezioni presidenziali. Vinse Cristiani, il quale continuò sulla strada del dialogo, anche perché il paese era stremato da un conflitto civile che era costato almeno 80.000 vite umane. Il 1º gennaio 1992 terminò ufficialmente la guerra civile ad El Salvador.